رویکرد محاسباتی می‌تواند به شناسایی انواع علّی در ژنوم غیرکدکننده کمک کند

کمتر از دو درصد از ژنوم انسان برای پروتئین‌ها کد می‌کند و بقیه آن‌ها غیرکدکننده هستند و احتمالاً به تنظیم ژن کمک می‌کنند. جهش در ژنوم غیر کد کننده اغلب باعث تغییرات صفت می شود که با تغییر بیان ژن باعث بیماری یا ناتوانی می شود. با این حال، ردیابی اینکه کدام یک از انواع متعدد مرتبط با یک بیماری یا سایر صفات پیچیده، علت آن هستند و درک مکانیسم تأثیرات آنها برای دانشمندان دشوار است.

محققان در Brigham یک رویکرد محاسباتی جدید ایجاد کردند که بر روی مناطق کوچکی از ژنوم غیرکدکننده که مطالعات انجمن گسترده ژنوم (GWAS) با تغییرات در صفات سلول‌های خونی، از جمله کاهش تعداد لنفوسیت‌ها و غلظت هموگلوبین، مرتبط هستند، مشخص می‌کند. آنها سپس این نواحی را برای جهش‌های خاصی که باعث می‌شود یک پروتئین فاکتور رونویسی به نام PU.1 به نواحی خاصی کم و بیش قوی‌تر از حد معمول متصل شود، اسکن کردند و تأثیری را که چنین جهش‌هایی بر محل اتصال PU.1 داشتند، بررسی کردند. روش آنها 69 جهش را نشان داد که بر اتصال PU.1 تأثیر می گذاشت و مربوط به تفاوت های کمی در تغییرات صفت سلول های خونی بود، که 51 مورد از آنها محل اتصال PU.1 را تغییر داد و بنابراین احتمالاً یک تفاوت فیزیولوژیکی ایجاد کرد.

روش ما می تواند برای درک بهتر طیف وسیعی از شرایط ژنتیکی و کمک به مشخص کردن انواع علّی در ژنوم غیرکدکننده زیربنای صفات مختلف زیست پزشکی استفاده شود. در اینجا، ما انواع غیر کدگذاری را شناسایی کردیم که به نظر می‌رسد به تفاوت‌های کمی در تغییرات صفت سلول‌های خونی کمک می‌کنند. این رویکرد می‌تواند برای کشف مکانیسم‌های تنظیمی رونویسی پنهان در داده‌های GWAS سایر صفات پیچیده مورد استفاده قرار گیرد.”

مارتا بولیک، دکترا، نویسنده ارشد، محقق اصلی در بخش ژنتیک بریگام