اطلس سلول T جدید پان سرطان درک عمیق تری از ریزمحیط پیچیده تومور ارائه می دهد

مطالعه جدیدی که توسط محققان مرکز سرطان اندرسون MD دانشگاه تگزاس انجام شد، امروز در منتشر شده است طب طبیعت، درک عمیق تری از تنوع گسترده حالات سلول T و همچنین روابط و نقش آنها در ریزمحیط پیچیده تومور ارائه می دهد و دیدگاه جدیدی را برای درک اثربخشی ایمونوتراپی در سرطان به ارمغان می آورد.

این اطلس جدید سلول T تک سلولی پان سرطان، 27 مجموعه داده توالی RNA تک سلولی، شامل 9 مجموعه داده منحصر به فرد از MD Anderson را ادغام می کند که 16 نوع سرطان را پوشش می دهد. این دقیق‌ترین تصویر تا به امروز از ناهمگونی سلول‌های T موجود در ریزمحیط تومور است و نشان می‌دهد که چگونه حالت‌های فنوتیپی آنها، و همچنین نسبت‌های نسبی هر حالت، نقش مهمی در تعیین اثربخشی ایمونوتراپی و احتمال اثرات نامطلوب بالقوه

این نوع مجموعه داده بزرگ و تجزیه و تحلیل جامع پان سرطان فرصتی را برای مشاهده مواردی فراهم می کند که هنگام مطالعه یک نوع سرطان یا حتی تعداد انگشت شماری از انواع سرطان قابل مشاهده نیستند. ما امیدواریم این نقشه‌های با وضوح بالا، از جمله وضعیت‌های سلول T کاملاً مشخص‌شده، منابع ارزشمندی برای تسهیل مطالعات سلول‌های T آینده و کشف نشانگرهای زیستی باشند.”

Linghua Wang، MD، Ph.D. نویسنده متناظر، دانشیار گروه پزشکی ژنومیک

یک کشف قابل توجه از این مطالعه، وضعیت پاسخ استرس سلول T یا T است که قبلاً توضیح داده نشده بود_STR. در مطالعات قبلی تک سلولی، این سلول های T اغلب نادیده گرفته می شدند یا به عنوان مصنوعات مربوط به تجزیه بافت در نظر گرفته می شدند. با این حال، با داده‌های گسترده موجود، محققان توانستند این سلول‌ها را به‌عنوان یک گروه کاملاً منحصربه‌فرد، متمایز از سایر زیرمجموعه‌های سلول T CD4+ یا CD8+ شناسایی کنند و وجود آنها را تأیید کنند. در موقعیت با استفاده از چند روش پروفایل فضایی

تی_STR سلول‌ها را می‌توان به‌عنوان سلول‌های T تحت فشار در نظر گرفت و درست مانند یک فرد استرس‌زا ممکن است در کار خود کمتر مؤثر باشد، به نظر می‌رسد که در مبارزه با سرطان کمتر مؤثر هستند. در حالی که هر دو تی_STR سلول ها و سلول های T خسته ممکن است ناکارآمد باشند، T_STR به نظر می رسد سلول ها مسیر تمایز منحصر به فردی را دنبال می کنند که از مسیر سلول های T خسته شده متمایز است.

تی_STR سلول‌ها با بیان ژن شوک حرارتی بالا مشخص می‌شوند و مهمتر از همه، در سلول‌های T CD4+ و CD8+ به‌طور قابل‌توجهی بالاتر دیده می‌شوند، به‌ویژه در افرادی که پاسخ نمی‌دهند. این نشان می دهد T_STR سلول ها ممکن است در مقاومت به ایمونوتراپی نقش داشته باشند. این وضعیت جدید سلول T یک لایه اضافی به درک ما از بیولوژی پیچیده سرطان اضافه می کند و یک هدف بالقوه برای درمان های آینده فراهم می کند.

«این واقعیت که این تی_STR سلول‌ها در انواع مختلفی از تومورها یافت می‌شوند، دنیای کاملا جدیدی از احتمالات را می‌گشایند که می‌توانند پتانسیل انتقال بالایی داشته باشند.» وانگ گفت: «بررسی علل مکانیکی پاسخ استرس در سلول‌های T، درک چگونگی القای این سلول‌های T تحت استرس در سلول‌های T ریزمحیط تومور، و یادگیری نحوه متوقف کردن یا معکوس کردن این T_STR دولت می تواند توسعه استراتژی های درمانی موثرتری را تسریع کند که ممکن است مزایای ایمونوتراپی را برای بیماران سرطانی بیشتری به ارمغان بیاورد.”

این کار همچنین بر ارزش مجموعه داده های بزرگ و یکپارچه در سرطان شناسی تأکید می کند. این اطلس سلول T پان سرطانی قدرت داده های بزرگ را برای بازگشایی چشم انداز پیچیده سلول های T در تومورها نشان می دهد. محققان در این مطالعه مجموعاً 32 حالت سلول T را توصیف کردند و هفت زیرجمعیت را در زیر مجموعه تنظیمی CD4+، پنج در جمعیت سلول های T کمک کننده فولیکولی CD4+ و 8 حالت را در میان سلول های T در حال تکثیر شناسایی کردند.

این یافته‌ها همگی ناهمگونی گسترده حالت‌های سلول T را در ریزمحیط تومور و نیاز به درک بیشتر چگونگی کمک این حالت‌ها به پیشرفت بیماری و پاسخ ایمنی درمانی را برجسته می‌کنند.

وانگ گفت: “هنوز سوالات زیادی برای پاسخ باقی مانده است.” یکی از محدودیت‌های این مطالعه این است که ما داده‌های مربوط به گیرنده سلول T را برای اکثر مجموعه داده‌های تحلیل شده نداریم. ما مطمئن نیستیم که چه چیزی باعث تحریک T می‌شود._STR وضعیت، و ما نمی دانیم که از کدام زیرمجموعه(های) سلول T سرچشمه می گیرند. همچنین مشخص نیست که آیا این T_STR سلول‌ها مختص سلول‌های تومور و نحوه ارتباط و تأثیر آنها با سلول‌های دیگر در ریزمحیط تومور هستند.”

تیم تحقیقاتی اطلس سلول T خود را از طریق پورتال تحقیقاتی تک سلولی، یک پورتال وب تعاملی کاربرپسند، با جامعه تحقیقاتی گسترده تر به اشتراک گذاشته است. این پورتال که توسط تیم توسعه داده شده است، به کاربران داخلی و خارجی اجازه می دهد تا بدون نیاز به مهارت های بیوانفورماتیک، اطلس را تجسم کرده و پرس و جو کنند.

این تیم همچنین ابزاری به نام TCellMap توسعه داده‌اند که محققان را قادر می‌سازد تا به طور خودکار سلول‌های T را از مجموعه داده‌های خود با همسویی با نقشه‌های سلول T با وضوح بالا تولید شده توسط این مطالعه حاشیه‌نویسی کنند. وانگ ابراز امیدواری کرد که این منابع برای دانشمندانی که قصد انجام تجزیه و تحلیل عمیق سلول‌های T را دارند، ارزشمند باشند، که منجر به اکتشافات بیشتر و در نهایت افزایش استراتژی‌ها برای درمان با سلول T شود.