پروژه توالی یابی ژنوم نوزاد خطرات پیش بینی نشده بیماری را شناسایی می کند

با توجه به پیشرفت های اخیر در تعیین توالی در مقیاس ژنومی، توالی یابی کامل ژنومیک نوزاد را می توان در مدت کوتاهی پس از تولد انجام داد. تجزیه و تحلیل این توالی امکان تشخیص انواع مضر مرتبط با بیماری های تک ژنی را فراهم می کند. حتی اگر چنین ابزار غربالگری در حال حاضر در دسترس است، با چندین موضوع اخلاقی، شواهد و هزینه مرتبط است.

اخیرا مجله آمریکایی ژنتیک انسانی این مطالعه شرایط پزشکی نوزادان با خطرات بیماری تک ژنی پیش بینی نشده (uMDRs) را بررسی کرد و آنها را در یک مقیاس نیمه کمی استاندارد شده ترسیم کرد. پتانسیل قابلیت عمل

مطالعه: عملی بودن خطرات بیماری تک ژنی پیش بینی نشده در غربالگری ژنومی نوزادان: یافته های پروژه BabySeq. اعتبار تصویر: metamorworks / Shutterstock

پروژه BabySeq چیست؟

پروژه BabySeq شامل یک سری آزمایشات بالینی بر روی نوزادان است که توسط موسسه ملی بهداشت (NIH) تامین مالی شده است. این کارآزمایی‌های بالینی با غربالگری نوزادان با استفاده از توالی‌یابی ژنومی (GS)، که داده‌های تجربی را در مورد مکانیسم‌های رضایت، روش‌های افشا، اصلاح ژن و تفسیر انواع ارائه می‌کند، مرتبط است. علاوه بر این، این کارآزمایی‌ها بر نتایج رفتاری، پزشکی و اقتصادی نیز تمرکز دارند.

در ابتدا، پروژه BabySeq از نوزادان سالم و بیمار برای این مطالعه استفاده کرد. نوزادان سالم از یک مهد کودک (NBN) و نوزادان بیمار از بخش مراقبت های ویژه (ICU) انتخاب شدند. این نامزدها به طور تصادفی برای دریافت غربالگری استاندارد مراقبت از نوزاد (NBS) یا NBS همراه با GS قرار گرفتند.

نوزادان اختصاص داده شده به GS تحت توالی یابی کل اگزوم قرار گرفتند. در اینجا، اگزوم ها حاشیه نویسی و فیلتر شدند، و نتایج برای شناسایی انواع بیماری زا یا احتمالی بیماری زا (PLPVs) تجزیه و تحلیل شدند. داده های بالینی در مورد PLPVs برای هر بیماری ژنتیکی توصیف شد.

این داده‌ها مربوط به شرایط ژنتیکی بود که می‌توانست در دوران کودکی بیان شود و بسیار نافذ یا قابل عمل در دوران کودکی و نافذ متوسط ​​بودند. اشاره شد که زمانی که اختلالات ژنتیکی ویژگی‌های خفیف‌تر یا تحت بالینی را نشان می‌دهند، میزان نفوذ به احتمال زیاد دست کم گرفته می‌شود. مفهوم نفوذ بر اساس این است که کدام فنوتیپ خاص و در چه زمانی تجزیه و تحلیل می شود. در مطالعات اپیدمیولوژیک، نفوذ کاردیومیوپاتی ارثی به عنوان ضخیم شدن بدون علامت سپتوم قلب توصیف می شود.

یافته های مطالعه

در مجموع 325 نوزاد در ابتدا در پروژه BabySeq ثبت نام کردند. از 325 نفر، 159 نفر به طور تصادفی در بازوی GS قرار گرفتند و 11.3٪ از آنها با PLPV همراه بودند. با این حال، تنها یک نوزاد مبتلا به PLPV نشان دهنده خطر بیماری تک ژنی بود که می تواند به صورت گذشته نگر با علائم بالینی آنها مرتبط باشد. از 159 نوزاد، 17 نوزاد دارای PLPV بودند که به عنوان uMDR مشخص شدند.

نتایج توالی در یک جلسه مشاوره با والدین شرکت کنندگان به اشتراک گذاشته شد. نامه افشاگری به والدین و پزشکان نوزاد ارائه شد. در 17 نوزاد مبتلا به uMDRs، PLPVs در 13 ژن منحصربه‌فرد یافت شد که قابل وراثت بودند. علاوه بر این، دو نوع بیماری زا در BRCA2 و یکی حامل یک واریانت بیماریزا در MSH2 بودند.

پروژه BabySeq با تجزیه و تحلیل کنش پذیری درگیر بود، جایی که شدت بالینی شرایط بالقوه شناسایی شد. متعاقباً، مداخلات موجود بر اساس متریک نیمه کمی عمل‌پذیری ClinGen (CASQM) درجه‌بندی شدند. یک نمایش بصری از این نمرات برای هر نوزاد ایجاد شد.

جفت نتیجه- مداخله ارزیابی شده توسط CASQM بر روی چهار محور، یعنی شدت، احتمال، اثربخشی و ماهیت مداخله است. در زمینه نمایش بصری داده ها، یک شکل الماس کامل نشان دهنده مطلوب ترین شرایط عملی است. در اینجا، نویسندگان به جای ارزیابی قابلیت عمل به طور خاص در دوران کودکی یا بزرگسالی، اقدام پذیری را در طول زندگی ارزیابی کردند.

تمام نوزادان در معرض خطر uMDR برای نظارت، مشاوره تخصصی و درمان ارجاع شدند. از میان هفده نوزاد مبتلا به uMDRs، سه نوزاد دارای فنوتیپ ناشناخته بودند و uMDR ها انواع خطرناک در نظر گرفته نشدند. با این حال، کشف شد که اینها نافذ با ویژگی های خفیف یا تحت بالینی هستند. این یافته نشان دهنده دشواری تشخیص نفوذ واقعی بیشتر شرایط تک ژنی است. همچنین تشخیص تفاوت در بیان ژنتیکی در طول زمان مهم است.

پروژه BabySeq فقط بر روی انواع ژن‌هایی متمرکز شد که به شدت با تظاهرات بیماری با نفوذپذیری بالا صرف نظر از قابلیت عمل و شواهد متوسط ​​نفوذ اما قابلیت عمل بالا در دوران کودکی یا نوجوانی مرتبط هستند. توصیف مفهوم عمل‌پذیری دشوار است، زیرا در موارد خاص، عمل‌پذیری باعث افزایش نظارت یا حتی پیش‌بینی آگاهانه یک بیماری می‌شود. با این حال، برخی از دانشمندان قابلیت عمل را به عنوان یک درمان موثر توصیف می کنند که می تواند پیشرفت بیماری را کند کند یا پیش آگهی بیماری را بهبود بخشد.

عملی ترین تظاهر یک شرایط توسط یک الماس کامل با امتیاز 3 در هر دامنه نشان داده شد. با این حال، اشکال جایگزین نشان دهنده تنوع سیگنال است، جایی که انتظار می رود نفوذ کمتر باشد یا درمان می تواند سنگین تر باشد. این داشبورد بصری می‌تواند به سیاست‌گذاران، والدین و پزشکان کمک کند تا اثربخشی مداخله انتخابی برای یک بیماری ژنتیکی خاص را درک کنند.

اهمیت مطالعه

در پروژه BabySeq، اکثر نوزادانی که با uMDR شناسایی شده‌اند، ارزیابی‌های تخصصی و روش‌های پیگیری فوری را دریافت کردند که می‌تواند یک رویکرد نجات بخش باشد. بنابراین، اهمیت آگاه کردن اعضای خانواده در مورد بیماری های ژنتیکی احتمالی می تواند بسیار مفید باشد.