ابزار CrossDome به پیش بینی خطرات بالقوه ایمونوتراپی سلول T کمک می کند

محققان دانشگاه هوستون در حال کار بر روی ایمن‌تر کردن ایمن‌درمانی سلول‌های T هستند و ابزاری به نام CrossDome توسعه می‌دهند که از ترکیبی از اطلاعات ژنتیکی و بیوشیمیایی برای پیش‌بینی اینکه آیا ایمونوتراپی با سلول‌های T به اشتباه به سلول‌های سالم حمله می‌کند، استفاده می‌کند.

ایمنی‌درمانی‌های مبتنی بر سلول‌های T، به دلیل توانایی‌شان در هدف قرار دادن سلول‌های بیمار، از جمله متاستاز سرطان، پتانسیل فوق‌العاده‌ای در مبارزه با سرطان و بیماری‌های عفونی دارند. با این وجود، این پتانسیل با نگرانی‌های ایمنی در مورد شناسایی احتمالی اهداف ناشناخته خارج شده توسط سلول‌های سالم کاهش یافته است.

در یک مورد، دانشمندان سلول های T ویژه ای ایجاد کردند که قرار بود پروتئین موجود در نوعی سرطان پوست به نام ملانوم را هدف قرار دهند. با این حال، این سلول‌های T همچنین به پروتئین متفاوتی که در سلول‌های قلب برخی از بیماران یافت می‌شود، حمله کردند. این باعث آسیب شدید به قلب شد.

ابزار CrossDome ما به پیش‌بینی خطرات احتمالی ایمونوتراپی مبتنی بر سلول T کمک می‌کند. این ابزار از ترکیبی از انواع مختلف اطلاعات (موسوم به multi-omics) برای پیش‌بینی و شناسایی اینکه آیا این درمان ممکن است به طور تصادفی به سلول‌های سالم آسیب برساند علاوه بر هدف قرار دادن سلول‌های سالم، استفاده می‌کند. دینلر آنتونز، استادیار زیست‌شناسی محاسباتی و عضو مرکز گیرنده‌های هسته‌ای و سیگنال‌دهی سلولی می‌گوید. آثار او در مرزها در ایمونولوژی. با تجزیه و تحلیل عوامل مختلف، CrossDome بینش هایی را در مورد ایمنی درمان های مبتنی بر سلول های T ارائه می دهد و ممکن است به محققان در ایجاد درمان های ایمن تر کمک کند.

برای آزمایش اثربخشی CrossDome، Antunes و Andre F. Fonseca، یکی از همکاران فوق دکترا در آزمایشگاه Altunes، از آن برای پیش بینی اشتباهات احتمالی در 16 مورد شناخته شده واکنش متقابل سلول T، از جمله مورد آسیب ملانوم-قلب، استفاده کردند. این ابزار با موفقیت پروتئین قلب را به عنوان یک هدف بالقوه برای سلول های T شناسایی کرد و آن را به عنوان یک کاندیدای پرخطر در میان هزاران پروتئین دیگر رتبه بندی کرد.

با تقویت نتایج، Antunes اطلاعاتی را از مجموعه داده‌های عملکردی مختلف ترکیب کرد تا به ارزیابی میزان بیان ژن‌های خاص و میزان احتمال اتصال آنها به یک مولکول خاص به نام HLA برای تحریک پاسخ ایمنی کمک کند.

این اطلاعات به ما کمک می‌کند تصمیم بگیریم کدام ژن‌های بالقوه خارج از هدف ارزش آزمایش در آزمایش‌ها را دارند.”

دینلر آنتونز، استادیار زیست شناسی محاسباتی

کاربران CrossDome می توانند فنی یا غیر فنی باشند. دارای ویژگی هایی است که امکان کنترل پیشرفته تری را برای کسانی که نحوه کدنویسی را می دانند، و همچنین یک رابط کاربری آسان برای کسانی که تجربه کدنویسی ندارند، دارد.